Để được công nhận Doanh nghiệp nông nghiệp công nghệ cao, các doanh nghiệp phải tốn thời gian và chi phí gửi hồ sơ ra Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thẩm định, gây chậm trễ và tốn kém, hạn chế sự phát triển của doanh nghiệp.